1/ L'apocalypse
Clark se trouve dans la Zone Fantôme, un univers parallèle désertique dans lequel les Kryptoniens enfermaient les pires criminels des 28 galaxies. Il y fait la connaissance de Raya qui lui révèle que, en tant que fils du créateur de cet univers, il a la possibilité de le quitter à tout moment. Pendant ce temps, Zod poursuit son plan de destruction de la Terre.
Lex se sent menacé, les évenements du nouveau "jeudi noir" pourraient lui avoir créés de nouveaux ennemis. Pendant ce temps, pour la première fois de sa vie, Clark tombe malade conséquence possible de son séjour dans la zone fantôme. 3/ Paradis perdu
Se sentant toujours coupable des dégâts qu'il a causé sous l'emprise de Zod, Lex organise une soirée de charité costumée pour la ville et engage le groupe All-American Rejects pour y jouer. Entretemps, Clark et Chloe poursuivent une créature qui utilise des cadavres humains comme fertilisant pour procréer. Mais la chasse s'accélère quand la créature capture Jimmy Olsen. De son côté, Lois accepte à contre coeur d'être la cavalière d'Oliver Queen au bal costumé de Lex.
Lors d'une soirée de bienfaisance, Lois est témoin du vol par Green Arrow d'un diamant rare que portait Martha autour du cou et décide de trouver qui se cache derrière ce costume. Clark enquête de son côté et découvre qu'Oliver Queen est Green Arrow qui vole aux riches pour donner aux pauvres. De son côté, Lex demande l'aide de Lionel pour tester la loyauté de Lana. 
À la suite d'une réunion d'ancien élèves de l'école privée dans laquelle ont étudié Lex et Olivier, certains de ces ancien étudiants trouvent la mort dans des accidents violents et étranges. 6/ Le duel
Clark est ravi d'apprendre que Raya s'est échappée de la zone fantôme et qu'elle vient lui rendre visite à Smallville. Tous les 2 se rapprochent et Raya montre à Clark comment réactiver la Forteresse de Solitude. Mais Baern (Bow Wow), un assassin échappé de la zone fantôme, s'en prend à Raya et Clark pour se venger de son emprisonnement.
7/ Indestructible
Une nuit, en tentant d'aider un couple victime d'une agression, Green Arrow est frappé d'une balle de revolver, en pleine poitrine. Le lendemain matin, le Daily Planet titre que la dépouille de l'archer vert a été apercue, gisant au milieu d'un parking sombre. Clark, s'inquiétant pour son ami Oliver, lui rend alors visite, mais celui-ci se trouve chez lui, apparemment intact et en bonne santé.
Pendant ce temps, Lana, prise de malaises fréquents, décide de consulter un médecin.
8/ Haute fréquence
Lex se retrouve soudainement "hors phase", prisonnier dans son propre manoir, sans aucun moyen d'entrer en contact avec ses autres occupants, tel un fantôme. Lana se sent coupable de n'avoir pas annoncé à Lex qu'elle était enceinte avant qu'il ne disparaisse.
Pendant ce temps, Clark se rend à Seattle où un navire, qui a peut-être été en contact avec l'un des évadés de la zone fantôme, a été remorqué. Tous ses occupants ont été sauvagement assassinés, et leurs os ont été extraits de leurs corps. Lorsque Clark arrive sur les lieux, l'assassin semble déjà sévir dans le port de Seattle.
La ferme voisine de celle des Kent fait travailler des clandestins hispaniques; deux d'entre eux veulent s'échapper. Cependant il semblerait que la kryptonite ait fabriqué un monstre des terres. 
Linda Lake, reporter au Daily Planet, possède la faculté de se liquéfier. Lois soupçonne Oliver d'être le "Green Arrow". Pendant ce temps, Lana parle à Chloé de la proposition de Lex. 
Alors que Bart Allen reviens à Metropolis Chloé découvre que certains patients de Bel montrant des capacités surnaturelles dues aux météorites disparaissent, elle soupçonne Lex et le projet 33.1 d'être à l'origine de ces disparitions. De son coté, Oliver Queen s'interresse également au projet 33.1. 
Clark se réveille brusquement dans un asile, où un psychiatre lui explique qu'il est interné depuis 5 ans et demi, et que tout ce qu'il croit avoir vécu depuis n'est qu'illusions. Le monde, tel que Clark le connaissait, semble en effet avoir beaucoup changé : ne plus avoir de pouvoir et être fiancé à Lana n'est que le début de ses surprises. 
Le jour de la saint valentin, Loïs se fait contaminer par de la kryptonite rouge, un elixir d'amour qui la rend dingue de Clark. Apres l'avoir embrassé ils se retrouvent tous deux sous l'influance de la mauvaise cryptonite et s'invitent au diner de mariage de Lana et Lex où Martha et Chloé sont présentes, sans en avoir parlé a Clark. 
Après avoir reçu une photo d'elle même s'habillant dans sa chambre, Lana réalise que quelqu'un l'observe et décide de se cacher dans un endroit surprenant. Pendant ce temps, Jimmy rompt avec Chloe, persuadé qu'elle n'a pas tourné la page de Clark, obligeant Chloe a faire le point sur ses sentiments pour son meilleur ami. 
Clark et Chloe découvrent que Tobias, un jeune homme aveugle depuis la pluie de météorite et qui a la capacité d'identifier les "monstres des météorites", est utilisé par Lex pour détecter les gens possédant des pouvoirs et que Lex utilise comme cobaye d'expériences. Lana découvre également le don de Tobias. Effrayée à l'idée qu'il nomme Clark comme infecté, elle met en place une transplantation de cornée en échange de son silence. Cependant, elle n'est pas préparée aux révélations de Tobias. 16/ Promise
Le jour du mariage de Lex et Lana, Lex reçoit un appel du Docteur Langston qui le ménace de révéler à Lana la vérité à propos de son enfant. Lana hésite alors à se marier et Clark réalise qu'il ne peut pas laisser Lana épouser Lex, il décide de lui avouer son secret. Cependant, personne ne s'attend à ce qui va arriver lorsque Lionel Luthor intervient.
17/ L'homme d'acier
Depuis le mariage de Lex et Lana, Clark dépense son énergie et sa colère en s'attaquant aux malfrats qui rôdent dans les parages. Oliver informe son ami de l'existence d'un club de combat sur internet où s'affrontent des individus contaminés par la kryptonite. Clark fait appel à Chloé pour essayer de localiser la source de l'émission. Il reconnaît l'un des combattants comme étant un des prisonniers échappés de la zone fantôme... Lois, à la recherche d'un bon article, met son nez dans le dossier sur lequel travaillent Clark et Chloé...
18/ Manipulation
Chloé confie à Clark qu'elle a des absentes répétées. Que fait-elle durant toutes ces heures dont elle ne se souvient pas ? Ensemble, ils découvrent qu'elle a agressé Lex la nuit dernière pour lui voler un disque dur. Surprise, Chloé y découvre des données en rapport avec sa mère, Moira, internée depuis des années dans un asile...
Une explosion dans des souterrains près de Smallville alerte les autorités. L'épouse d'un soldat des Forces Spéciales y retient Lex en otage. Persuadée que son mari n'a pas péri dans le crash d'un hélicoptère, elle a mené sa propre enquête et découvert l'implication de LuthorCorp. Déterminée à découvrir la vérité, elle menace de tout faire exploser si Lex ne passe pas aux aveux...
Un drame est survenu au Daily Planet ! Lana a été grièvement blessée par un inconnu. Chloé et Jimmy, qui ont aperçu le tueur, n'ont pas eu le temps de l'identifier. Et la victime, inconsciente, est hospitalisée. Clark se met aussitôt sur l'affaire avec Chloé, pendant que Lois mène sa propre enquête. Bien que personne ne lui ait demandé son avis, Jimmy semble avoir sa propre théorie...
Lex développe dans le plus grand secret le projet Arès, une expérience effectuée sur Wes Keenan, un militaire supposé être mort au combat en Afghanistan. Lorsque le sénateur Burke, impliqué dans l'affaire, menace de mettre fin à leur association, Lex décide de se débarrasser de lui en utilisant sa nouvelle "arme". Lois, témoin de l'attaque, reconnaît Wes qu'elle a connu dans un camp militaire...
Lionel révèle à Lex qu'il a forcé Lana à l'épouser. La jeune femme, agacée par tous ces mensonges, est décidée à quitter Lex. Mais celui-ci la laissera-t-il partir ?... Depuis la mort de Wes, Lois mène sa propre enquête pour découvrir les dessous de cette affaire. Elle est en possession d'une série de numéros que Wes ne cessait de répéter avant de succomber... Lex presse son équipe de capturer l'entité alien qui lui permettra de mettre sur pied son armée...